История монастыря, построенного в IX-XIII веках, трагична: удины - духовные наследники Албанской Апостольской церкви - долгое время не могли попасть сюда из-за армянской оккупации.
Государство Кавказская Албания возникло на территории современного Азербайджана еще до нашей эры. В IV веке сюда пришло христианство, а в VII веке – ислам. История христианства как официальной религии на Кавказе начинается с Албанской церкви, древность которой подтверждают не только исторические факты, но и древние албанские храмы, сохранившиеся до наших дней.
Тюркменчайский мирный договор, завершивший русско-персидскую войну в 1828 году, разделил территорию Азербайджана на две части. На отошедшие Российской империи земли заселили более двух миллионов армян из Ирана и Турции. Сразу после этого по настоянию Армянский церкви Албанская церковь была упразднена 1836 году, а все ее имущество передали Армянской церкви. Именно этот шаг дал возможность армянскому духовенству объявить все храмы и монастыри своими, назначать армянских священников на должности в кавказских албанских церквях. Так начался процесс присвоения, арменизации и ущемления права последователей албанский христианской церкви.
Сейчас монастырский комплекс снова оказался в руках его законных владельцев. Отныне в этом монастыре могут молится не только представители албано-удинской религиозной общины Азербайджана, но и армяне, и православное – представители всех христианских конфессий. Да и вообще, в многонациональном Азербайджане и церкви, и синагоги, и мечети считаются "домами Бога", и отношение к ним соответствующее.