Илькер Башбуг был арестован 6 января 2012 года по постановлению суда по особо тяжким преступлениям ? 12 города Стамбула. Его задержали в рамках расследования дела по так называемой "Интернет-памятке". Утверждается, что обвиняемые по этому процессу проводили в Сети пропаганду, направленную против существующей власти, создавали интернет-сайты, очерняющие лидеров страны. В отношении Илькера Башбуга расследование длилось 27 дней. Особо уполномоченный для этих целей республиканский прокурор Джихан Кансыз в обвинительном заключении требует судить экс-начальника Генштаба за попытку переворота, а также за руководство террористической организации "Эргенекон". Прокуратура требует назначить бывшему главе Генштаба пожизненное заключение и еще 22,5 года тюрьмы. Задержанный Башбуг отвергает все обвинения: "26-й глава Генштаба Турции обвинен в учреждении террористической организации и руководстве ею. Я оставляю решение за великим турецким народом".
В случае, если суд примет обвинение прокуратуры по делу Илькера Башбуга, то этот процесс станет не первым. В Турции главы Генштаба неоднократно становились во главе военных переворотов и заговоров. Так, 4 апреля 2012 года на скамье подсудимых окажется 92-летний бывший глава Генштаба и экс-президент Турции Кенан Эврен, возглавивший переворот 1980 года.